DRUG BINDING INTERFACES MAPPED TO 'RFP'

List of Binding Interfaces
(Click on the entry ID to view details of interfaces and pattern clusters)
(Note that ASSAM search use only 3-12 residue containing patterns)
Filter list by:
DrReposER ID PDB Ligand Organism Macromolecule Pfam Res. Interface HETATM
1I6V_C_RFPC1640 1i6v RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Thermus
aquaticus 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		12 ARG C 134
GLN C 390
LEU C 391
GLN C 393
PHE C 394
ASP C 396
ARG C 405
HIS C 406
ARG C 409
SER C 411
GLU C 445
ILE C 452
 RFP C1640
1SKX_A_RFPA1 1skx RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Homo sapiens ORPHAN NUCLEAR
RECEPTOR PXR 		PF00104
(Hormone_recep) 		17 LYS A 210
VAL A 211
LEU A 240
MET A 243
SER A 247
PHE A 251
CYS A 284
GLN A 285
PHE A 288
TRP A 299
LEU A 308
MET A 323
HIS A 407
ARG A 410
LEU A 411
ILE A 414
PHE A 420
 RFP A   1
1YNN_C_RFPC1120 1ynn RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Thermus
aquaticus 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE BETA
CHAIN 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		12 ARG C 134
GLN C 390
GLN C 393
PHE C 394
ASP C 396
ARG C 405
HIS C 406
ARG C 409
SER C 411
LEU C 413
PRO C 444
ILE C 452
 RFP C1120
2HW2_A_RFPA1200 2hw2 RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycolicibacteri
um smegmatis 		RIFAMPIN ADP-RIBOSYL
TRANSFERASE 		PF12120
(Arr-ms) 		16 PHE A   9
PHE A  39
ALA A  56
TRP A  59
GLY A  60
LEU A  63
ASN A  86
VAL A  87
LYS A  90
LYS A  91
THR A  97
SER A  99
MET A 126
GLY A 129
LEU A 130
LEU A 133
 RFP A1200
3AOB_C_RFPC2002 3aob RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		ACRIFLAVINE
RESISTANCE PROTEIN B 		no annotation 12 MET C 575
GLN C 577
PHE C 617
ALA C 618
THR C 624
PHE C 664
PHE C 666
ARG C 717
ASN C 719
GLY C 720
ARG C 815
LEU C 828
 RFP C2002
3AOD_C_RFPC2002 3aod RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		ACRIFLAVINE
RESISTANCE PROTEIN B 		no annotation 12 MET C 575
GLN C 577
PHE C 617
ALA C 618
THR C 624
PHE C 664
PHE C 666
ARG C 717
ASN C 719
GLY C 720
ARG C 815
LEU C 828
 RFP C2002
4KMU_C_RFPC1401 4kmu RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		14 GLN C 510
LEU C 511
GLN C 513
PHE C 514
ASP C 516
HIS C 526
ARG C 529
SER C 531
LEU C 533
ARG C 540
PRO C 564
ASN C 568
ILE C 572
ARG C 687
 RFP C1401
4KMU_H_RFPH1401 4kmu RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA;
RNA POLYMERASE SIGMA
FACTOR RPOD 		no annotation 14 GLN H 510
GLN H 513
ASP Y 514
PHE H 514
ASP H 516
HIS H 526
ARG H 529
SER H 531
LEU H 533
ARG H 540
PRO H 564
ASN H 568
ILE H 572
ARG H 687
 RFP H1401
5HV1_A_RFPA902 5hv1 RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Listeria
monocytogenes 		PHOSPHOENOLPYRUVATE
SYNTHASE 		PF00391
(PEP-utilizers)
PF01326
(PPDK_N) 		15 ILE A 331
VAL A 333
GLN A 336
TYR A 351
THR A 355
PRO A 356
ALA A 357
VAL A 368
ILE A 370
LEU A 387
SER A 390
LEU A 478
ILE A 487
MET A 488
MET A 491
 RFP A 902
5KOX_A_RFPA502 5kox RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Nocardia
farcinica 		PENTACHLOROPHENOL
4-MONOOXYGENASE 		PF01494
(FAD_binding_3) 		15 ARG A  43
GLY A  44
PHE A  69
PHE A  74
VAL A  93
ARG A 196
ARG A 201
GLY A 203
VAL A 205
ILE A 215
PHE A 256
PRO A 283
THR A 284
GLY A 285
GLY A 286
 RFP A 502
5UAC_C_RFPC3001 5uac RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		12 GLN C 510
GLN C 513
PHE C 514
ASP C 516
HIS C 526
ARG C 529
SER C 531
LEU C 533
ARG C 540
PRO C 564
ILE C 572
ARG C 687
 RFP C3001
5UAH_C_RFPC3001 5uah RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		13 ARG C 143
GLN C 510
LEU C 511
GLN C 513
PHE C 514
VAL C 516
ARG C 529
SER C 531
LEU C 533
ARG C 540
PRO C 564
ILE C 572
ARG C 687
 RFP C3001
5UAL_C_RFPC3001 5ual RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Escherichia
coli 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		11 GLN C 510
GLN C 513
PHE C 514
ASP C 516
HIS C 526
ARG C 529
LEU C 531
PRO C 564
ILE C 572
ARG C 687
GLN C 761
 RFP C3001
5UH6_C_RFPC1201 5uh6 RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycobacterium
tuberculosis 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA;
RNA POLYMERASE SIGMA
FACTOR SIGA 		PF00140
(Sigma70_r1_2)
PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04539
(Sigma70_r3)
PF04542
(Sigma70_r2)
PF04545
(Sigma70_r4)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		17 ARG C 173
ASP F 429
GLN C 435
LEU C 436
GLN C 438
PHE C 439
ASP C 441
HIS C 451
ARG C 454
SER C 456
LEU C 458
ARG C 465
PRO C 489
ASN C 493
ILE C 497
ARG C 613
HIS C 680
 RFP C1201
5UHB_C_RFPC1201 5uhb RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycobacterium
tuberculosis 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		15 GLN C 435
LEU C 436
GLN C 438
PHE C 439
ASP C 441
HIS C 451
ARG C 454
SER C 456
LEU C 458
ARG C 465
PRO C 489
ASN C 493
ILE C 497
ARG C 613
HIS C 680
 RFP C1201
5UHC_C_RFPC1201 5uhc RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycobacterium
tuberculosis 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA;
RNA POLYMERASE SIGMA
FACTOR SIGA 		PF00140
(Sigma70_r1_2)
PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04539
(Sigma70_r3)
PF04542
(Sigma70_r2)
PF04545
(Sigma70_r4)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		17 ASP F 429
GLU F 430
GLN C 435
LEU C 436
GLN C 438
PHE C 439
ASP C 441
HIS C 451
ARG C 454
SER C 456
LEU C 458
ARG C 465
PRO C 489
ASN C 493
ILE C 497
ARG C 613
HIS C 680
 RFP C1201
5UHD_C_RFPC1201 5uhd RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycobacterium
tuberculosis 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		16 ARG C 173
GLN C 435
LEU C 436
GLN C 438
PHE C 439
ASP C 441
HIS C 451
ARG C 454
SER C 456
LEU C 458
ARG C 465
PRO C 489
ASN C 493
ILE C 497
ARG C 613
HIS C 680
 RFP C1201
5UHG_C_RFPC1201 5uhg RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Mycobacterium
tuberculosis 		DNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE SUBUNIT
BETA 		PF00562
(RNA_pol_Rpb2_6)
PF04560
(RNA_pol_Rpb2_7)
PF04561
(RNA_pol_Rpb2_2)
PF04563
(RNA_pol_Rpb2_1)
PF04565
(RNA_pol_Rpb2_3)
PF10385
(RNA_pol_Rpb2_45) 		16 ARG C 173
GLN C 435
LEU C 436
GLN C 438
PHE C 439
ASP C 441
HIS C 451
ARG C 454
SER C 456
LEU C 458
ARG C 465
PRO C 489
ASN C 493
ILE C 497
ARG C 613
HIS C 680
 RFP C1201
6BED_C_RFPC601 6bed RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Vaccinia virus SCAFFOLD PROTEIN D13 no annotation 11 VAL C  24
VAL B  24
GLN A  27
GLN C  27
GLU A 165
PHE C 168
PRO A 483
PHE B 486
PHE C 486
PHE A 486
PHE A 487
 RFP C 601
6BRD_A_RFPA502 6brd RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Streptomyces
venezuelae 		RIFAMPIN
MONOOXYGENASE 		no annotation 16 GLN A  43
HIS A  46
VAL A  69
PHE A  74
VAL A  93
LEU A 176
MET A 192
ARG A 196
ARG A 201
MET A 205
ARG A 213
VAL A 215
PHE A 257
THR A 285
GLY A 286
MET A 342
 RFP A 502
6BRD_B_RFPB502 6brd RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Streptomyces
venezuelae 		RIFAMPIN
MONOOXYGENASE 		no annotation 18 GLN B  43
HIS B  46
PHE B  74
VAL B  93
LEU B 176
MET B 192
ARG B 196
ARG B 201
GLY B 203
MET B 205
ARG B 213
VAL B 215
PHE B 257
PRO B 284
THR B 285
GLY B 286
GLY B 287
MET B 342
 RFP B 502
6BRD_C_RFPC502 6brd RFP

DB01045
(Rifampicin) 		Streptomyces
venezuelae 		RIFAMPIN
MONOOXYGENASE 		no annotation 14 GLN C  43
VAL C  69
VAL C  71
VAL C  93
MET C 192
ARG C 196
GLY C 203
MET C 205
ARG C 213
VAL C 215
PHE C 257
PRO C 284
THR C 285
GLY C 286
 RFP C 502
6CCV_C_RFPC1205 6ccv RFP

DB01045
(Rifampicin) 		no annotation 14 GLU F 368
GLN C 426
GLN C 429
PHE C 430
ASP C 432
HIS C 442
ARG C 445
SER C 447
LEU C 449
ARG C 456
PRO C 480
ILE C 488
ARG C 604
HIS C 671
 RFP C1205