DRUG BINDING INTERFACES MAPPED TO 'PROTEASE'

List of Binding Interfaces
(Click on the entry ID to view details of interfaces and pattern clusters)
(Note that ASSAM search use only 3-12 residue containing patterns)
Filter list by:
DrReposER ID PDB Ligand Organism Macromolecule Pfam Res. Interface HETATM
1C6Y_B_MK1B524 1c6y MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEIN (PROTEASE) PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ALA A  28
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
ILE A  84
ASP B 225
GLY B 227
ALA B 228
ASP B 229
ASP B 230
VAL B 232
ILE B 247
GLY B 249
ILE B 250
THR B 280
PRO B 281
THR B 282
ILE B 284
 MK1 B 524
1C6Z_B_ROCB505 1c6z ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEIN (PROTEASE) PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
ILE A  84
ARG B 208
ASP B 225
GLY B 227
ALA B 228
ASP B 229
ASP B 230
VAL B 232
ILE B 247
GLY B 249
ILE B 250
THR B 280
PRO B 281
THR B 282
ILE B 284
 ROC B 505
1D4S_A_TPVA201 1d4s TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEIN (HIV-1
PROTEASE) 		PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
PRO A  81
PHE B  82
PHE A  82
VAL B  84
 TPV A 201
1D4Y_A_TPVA501 1d4y TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEIN (HIV-1
PROTEASE) 		PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG A   8
ARG B   8
LEU B  23
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 TPV A 501
1FB7_A_ROCA100 1fb7 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP) 		12 ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  48
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
 ROC A 100
1HPV_B_478B200 1hpv 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 B 200
1HSG_B_MK1B902 1hsg MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 B 902
1HSH_A_MK1A401 1hsh MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 2 		HIV-II PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  32
ILE B  32
VAL A  47
VAL B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
ILE B  82
ILE A  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 A 401
1HSH_C_MK1C402 1hsh MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 2 		HIV-II PROTEASE no annotation 20 ARG D   8
ARG C   8
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP C  29
ASP C  30
ILE C  32
GLY C  49
GLY D  49
ILE C  50
ILE D  50
PRO C  81
PRO D  81
ILE C  82
ILE D  82
ILE C  84
ILE D  84
 MK1 C 402
1HXB_A_ROCA100 1hxb ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		31 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 100
1HXW_B_RITB301 1hxw RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
GLY A  27
ALA B  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 RIT B 301
1MUI_B_AB1B100 1mui AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 B 100
1N49_B_RITB301 1n49 RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
ASN A  25
ASN B  25
GLY B  27
ALA B  28
ASP A  29
ASP B  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
ALA A  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT B 301
1N49_D_RITD401 1n49 RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 17 ARG C   8
ASN D  25
ASN C  25
GLY C  27
ALA C  28
ASP D  29
ASP C  30
VAL C  32
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO C  81
PRO D  81
ILE D  84
ILE C  84
 RIT D 401
1OHR_A_1UNA201 1ohr 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYLPROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A 201
1RL8_A_RITA9001 1rl8 RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
ALA B  82
ALA A  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT A9001
1RV7_B_AB1B1001 1rv7 AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		11 LEU B  23
ASN A  25
ALA A  28
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
ALA B  82
VAL A  84
VAL B  84
 AB1 B1001
1SDT_B_MK1B902 1sdt MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ILE A  47
GLY A  48
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 MK1 B 902
1SDU_B_MK1B902 1sdu MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ALA A  28
ILE A  47
GLY A  48
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 MK1 B 902
1SDV_B_MK1B902 1sdv MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ALA A  28
ILE A  47
GLY A  48
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
ILE A  84
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
ILE B 184
 MK1 B 902
1T3R_A_017A1200 1t3r 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
LEU B  23
LEU A  23
ASP B  25
ASP A  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A1200
2AQU_B_DR7B300 2aqu DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 B 300
2B7Z_B_MK1B200 2b7z MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
ALA B  82
ALA A  82
VAL A  84
VAL B  84
 MK1 B 200
2BPX_B_MK1B902 2bpx MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 B 902
2HS1_A_017A201 2hs1 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 A 201
2HS1_B_017B203 2hs1 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE no annotation 7 GLU B 135
TRP B 142
PRO B 144
MET B 146
LYS B 155
ARG B 157
GLY B 178
 017 B 203
2HS2_A_017A201 2hs2 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		25 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 A 201
2HS2_B_017B203 2hs2 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 6 TRP B 142
PRO B 144
LEU B 146
LYS B 155
ARG B 157
GLY B 178
 017 B 203
2IDW_B_017B401 2idw 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU A  23
ASP A  25
ALA A  28
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
ALA A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
GLY B 149
ILE B 150
ILE B 184
 017 B 401
2IEN_B_017B402 2ien 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 B 402
2IEO_A_017A402 2ieo 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		25 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
VAL B 184
 017 A 402
2M9P_B_BEZB251 2m9p BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		;
Dengue virus 		SERINE PROTEASE
INHIBITOR;
SERINE PROTEASE
SUBUNIT NS2B, SERINE
PROTEASE NS3 		None
PF00949
(Flavi_NS2B)
PF01002
(Peptidase_S7) 		3 VAL A 216
SER A 219
GLY A 220
 BEZ B 251
2M9Q_B_BEZB251 2m9q BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		;
Dengue virus 		SERINE PROTEASE
INHIBITOR;
SERINE PROTEASE
SUBUNIT NS2B, SERINE
PROTEASE NS3 		None
PF00949
(Flavi_NS2B)
PF01002
(Peptidase_S7) 		9 LEU A   6
ILE A  86
ILE A  97
PHE A 107
THR A 109
VAL A 113
THR A 114
ALA A 117
LEU A 119
 BEZ B 251
2NMY_A_ROCA401 2nmy ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 147
GLY B 148
GLY B 149
ILE B 150
THR B 180
PRO B 181
ALA B 182
ILE B 184
 ROC A 401
2NMZ_B_ROCB401 2nmz ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
ALA A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
THR B 180
PRO B 181
ALA B 182
ILE B 184
 ROC B 401
2NNK_A_ROCA401 2nnk ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		28 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
VAL A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
THR B 180
PRO B 181
VAL B 182
VAL B 184
 ROC A 401
2NNP_A_ROCA401 2nnp ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
ALA B 128
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
VAL B 184
 ROC A 401
2O4K_A_DR7A301 2o4k DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		28 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PHE B  53
PHE A  53
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 A 301
2O4L_A_TPVA403 2o4l TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
VAL B  50
VAL A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 TPV A 403
2O4N_A_TPVA300 2o4n TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG A   8
ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  32
ILE B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
LEU B  82
LEU A  82
 TPV A 300
2O4P_A_TPVA300 2o4p TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG A   8
ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 TPV A 300
2O4S_A_AB1A400 2o4s AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 A 400
2PXC_A_SAMA500 2pxc SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Murray Valley
encephalitis
virus 		GENOME POLYPROTEIN
[CONTAINS: CAPSID
PROTEIN C (CORE
PROTEIN);
ENVELOPE PROTEIN M
(MATRIX PROTEIN);
MAJOR ENVELOPE
PROTEIN E;
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 1 (NS1);
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 2A (NS2A);
FLAVIVIRIN PROTEASE
NS2B REGULATORY
SUBUNIT;
FLAVIVIRIN PROTEASE
NS3 CATALYTIC
SUBUNIT;
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 4A (NS4A);
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 4B (NS4B);
RNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE (EC
2.7.7.48) (NS5)] 		PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 500
2PYM_A_1UNA1001 2pym 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A1001
2PYN_A_1UNA1001 2pyn 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A1001
2Q5K_A_AB1A201 2q5k AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 AB1 A 201
2Q63_A_1UNA1001 2q63 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		30 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A1001
2Q64_B_1UNB1001 2q64 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		30 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN B1001
2Q6F_C_010C6 2q6f 010

DB06770
(Benzyl
alcohol) 		Avian
coronavirus;
synthetic
construct 		INFECTIOUS
BRONCHITIS VIRUS
(IBV) MAIN PROTEASE;
N-[(5-METHYLISOXAZOL
-3-YL)CARBONYL]ALANY
L-L-VALYL-N~1~-((1R,
2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-
OXO-1-{[(3R)-2-OXOPY
RROLIDIN-3-YL]METHYL
}BUT-2-ENYL)-L-LEUCI
NAMIDE 		None 3 ASN B  25
LEU B  27
HIS B  41
 010 C   6
2QAK_A_1UNA1001 2qak 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		30 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A1001
2QHC_B_AB1B9001 2qhc AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 B9001
2R5P_B_MK1B902 2r5p MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 B 902
2R5P_D_MK1D902 2r5p MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 25 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY D  27
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
ILE C  47
GLY C  48
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 MK1 D 902
2R5Q_B_1UNB900 2r5q 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ASP B  29
ASP B  30
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
ILE A  84
 1UN B 900
2R5Q_D_1UND900 2r5q 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 19 ARG C   8
LEU C  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY D  27
ALA D  28
ASP D  29
ASP D  30
ILE C  47
ILE D  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO C  81
PRO D  81
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 1UN D 900
2RKF_A_AB1A501 2rkf AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		25 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
ALA B  82
ALA A  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 A 501
2RKG_B_AB1B501 2rkg AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE RETROPEPSIN PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
VAL A  48
VAL B  48
GLY A  50
GLY B  50
ILE B  51
ILE A  51
PRO B  82
PRO A  82
ILE A  85
ILE B  85
 AB1 B 501
2Z54_A_AB1A200 2z54 AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 A 200
3BVB_B_017B401 3bvb 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE
(RETROPEPSIN) 		PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASN B  25
ASN A  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 401
3CYW_A_017A201 3cyw 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 201
3CYX_A_ROCA201 3cyx ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		31 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
VAL B  50
VAL A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 201
3D1X_A_ROCA201 3d1x ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 201
3D1Y_A_ROCA201 3d1y ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 ROC A 201
3D1Z_B_017B201 3d1z 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 201
3D20_A_017A201 3d20 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 A 201
3EBZ_B_017B201 3ebz 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 2 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ALA A  28
ASP A  30
ILE A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
ILE A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 132
VAL B 147
GLY B 149
ILE B 150
ILE B 182
 017 B 201
3EKP_B_478B200 3ekp 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU B  23
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
ALA B  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 B 200
3EKP_C_478C200 3ekp 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 20 LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  30
ASP C  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE C  50
ILE D  50
PRO C  81
ALA C  82
ILE D  84
ILE C  84
 478 C 200
3EKQ_A_ROCA100 3ekq ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE B  47
ILE A  47
VAL A  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO B  81
PRO A  81
THR A  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 100
3EKT_B_017B200 3ekt 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
ALA B  82
ILE B  84
 017 B 200
3EKT_D_017D200 3ekt 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 22 LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL C  32
VAL D  32
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO D  81
PRO C  81
ILE D  84
ILE C  84
 017 D 200
3EKV_A_478A200 3ekv 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 A 200
3EKW_B_DR7B100 3ekw DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE B  47
ILE A  47
VAL B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
ALA B  82
ALA A  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 B 100
3EKX_B_1UNB201 3ekx 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO B  81
PRO A  81
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN B 201
3EKY_A_DR7A100 3eky DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL B  82
VAL A  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 A 100
3EL0_A_1UNA201 3el0 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		17 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
ILE B  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
ALA B  82
ILE A  84
ILE B  84
 1UN A 201
3EL1_A_DR7A100 3el1 DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
VAL B  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 A 100
3EL4_A_ROCA100 3el4 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
THR A  82
THR B  82
VAL A  84
 ROC A 100
3EL5_B_1UNB201 3el5 1UN

DB00220
(Nelfinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR B  80
PRO B  81
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
VAL B  84
 1UN B 201
3EL9_A_DR7A100 3el9 DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
PRO B  81
THR A  82
THR B  82
 DR7 A 100
3EM3_B_478B200 3em3 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
LEU A  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 B 200
3EM4_A_DR7A100 3em4 DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG A   8
ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
LEU A  50
LEU B  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 A 100
3EM4_V_DR7V100 3em4 DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 21 ARG U   8
ARG V   8
ASP U  25
ASP V  25
GLY U  27
ALA U  28
ASP V  29
ASP U  29
ILE V  47
ILE U  47
GLY V  48
GLY V  49
GLY U  49
LEU U  50
LEU V  50
PRO U  81
PRO V  81
VAL U  82
VAL V  82
ILE U  84
ILE V  84
 DR7 V 100
3EM6_A_017A200 3em6 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
LEU A  50
LEU B  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A 200
3GGU_B_017B201 3ggu 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
VAL A  84
 017 B 201
3K4V_B_ROCB201 3k4v ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		32 TRP C   6
ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC B 201
3K4V_D_ROCD201 3k4v ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		31 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
ILE C  47
GLY C  48
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
THR D  80
THR C  80
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 ROC D 201
3LZS_A_017A200 3lzs 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		25 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 200
3LZU_A_017A200 3lzu 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 200
3LZV_A_017A200 3lzv 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
LEU A  23
ASP B  25
ASP A  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A 200
3MWS_B_017B201 3mws 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 B 201
3N3I_A_ROCA201 3n3i ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP) 		18 ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ARG A1008
ASP A1025
ALA A1028
ASP A1030
ILE A1047
GLY A1049
ILE A1050
VAL A1082
 ROC A 201
3NDT_A_ROCA101 3ndt ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		30 TRP C   6
ARG B   9
ARG A   9
LEU A  24
LEU B  24
ASP A  26
ASP B  26
GLY A  28
GLY B  28
ALA B  29
ALA A  29
ASP B  30
ASP A  30
ASP B  31
ASP A  31
VAL A  33
ILE B  48
ILE A  48
GLY A  50
GLY B  50
ILE B  51
ILE A  51
THR A  81
THR B  81
PRO B  82
PRO A  82
VAL A  83
VAL B  83
ILE A  85
ILE B  85
 ROC A 101
3NDT_D_ROCD100 3ndt ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 28 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL D  32
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
THR D  80
THR C  80
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 ROC D 100
3NDU_A_ROCA101 3ndu ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		29 TRP C   6
ARG B   9
ARG A   9
LEU A  24
LEU B  24
ASP A  26
ASP B  26
GLY A  28
GLY B  28
ALA B  29
ALA A  29
ASP B  30
ASP A  30
ASP B  31
ASP A  31
ILE B  48
ILE A  48
GLY A  50
GLY B  50
ILE B  51
ILE A  51
THR A  81
THR B  81
PRO B  82
PRO A  82
VAL A  83
VAL B  83
ILE A  85
ILE B  85
 ROC A 101
3NDU_D_ROCD100 3ndu ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 29 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
THR D  80
THR C  80
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 ROC D 100
3NDW_A_RITA100 3ndw RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT A 100
3NDX_A_RITA100 3ndx RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT A 100
3NU3_B_478B401 3nu3 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
ILE B 184
 478 B 401
3NU4_B_478B401 3nu4 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ASP A  25
ALA A  28
ASP A  30
ILE A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 130
ILE B 132
GLY B 149
ILE B 150
ILE B 184
 478 B 401
3NU5_B_478B401 3nu5 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		25 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
VAL A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
VAL B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 478 B 401
3NU6_B_478B401 3nu6 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
ILE A  84
 478 B 401
3NU9_A_478A401 3nu9 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ASP A  25
ALA A  28
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
VAL B 182
VAL B 184
 478 A 401
3NUJ_B_478B401 3nuj 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE B  84
ILE A  84
 478 B 401
3NUO_B_478B478 3nuo 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE B  84
ILE A  84
 478 B 478
3OGP_A_017A200 3ogp 017

DB01264
(Darunavir) 		Feline
immunodeficiency
virus 		FIV PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 LEU B  28
ASP A  30
ASP B  30
GLY A  32
ALA B  33
ALA A  33
ASP A  34
ILE A  35
ILE B  35
VAL B  37
MET B  56
MET A  56
GLY B  58
GLY A  58
ILE B  59
ILE A  59
VAL B  99
LEU B 101
LEU A 101
 017 A 200
3OGP_B_017B200 3ogp 017

DB01264
(Darunavir) 		Feline
immunodeficiency
virus 		FIV PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 LEU A  28
ASP A  30
ASP B  30
GLY B  32
ALA B  33
ALA A  33
ASP B  34
ILE A  35
ILE B  35
MET B  56
MET A  56
GLY B  58
GLY A  58
ILE B  59
ILE A  59
SER A  98
VAL A  99
LEU B 101
LEU A 101
 017 B 200
3OGQ_A_AB1A200 3ogq AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Feline
immunodeficiency
virus 		FIV PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B  13
LEU A  28
LEU B  28
ASP B  30
ASP A  30
GLY B  32
ALA B  33
ALA A  33
ASP B  34
ASP A  34
ILE B  35
ILE A  35
VAL A  37
MET A  56
MET B  56
GLY A  58
GLY B  58
ILE B  59
ILE A  59
SER B  98
VAL B  99
LEU A 101
LEU B 101
 AB1 A 200
3OXC_A_ROCA401 3oxc ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
THR B 180
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 ROC A 401
3OXV_A_478A200 3oxv 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP) 		6 GLU A  35
TRP A  42
PRO A  44
LYS A  55
ARG A  57
GLY A  78
 478 A 200
3OXV_B_478B200 3oxv 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ALA B  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
VAL A  50
VAL B  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
ILE A  84
 478 B 200
3OXV_C_478C200 3oxv 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE no annotation 20 ARG D   8
LEU C  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
ALA D  28
ALA C  28
ASP D  30
ASP C  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
GLY D  49
GLY C  49
VAL D  50
VAL C  50
PRO D  81
VAL D  82
ILE C  84
ILE D  84
 478 C 200
3OXW_B_017B200 3oxw 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU B  23
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ALA B  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
VAL A  50
VAL B  50
PRO B  81
VAL A  82
ILE B  84
 017 B 200
3OXW_D_017D200 3oxw 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE no annotation 20 LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
ALA D  28
ALA C  28
ASP C  29
ASP D  30
ASP C  30
VAL D  32
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
VAL D  50
VAL C  50
PRO D  81
VAL C  82
VAL D  82
ILE D  84
 017 D 200
3OXX_A_DR7A100 3oxx DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
VAL B  50
VAL A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 DR7 A 100
3OXX_C_DR7C100 3oxx DR7

DB01072
(Atazanavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE no annotation 23 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ILE D  47
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
VAL C  50
VAL D  50
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 DR7 C 100
3OY4_B_017B200 3oy4 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 017 B 200
3PWM_B_017B402 3pwm 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		25 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 B 402
3PWR_A_ROCA401 3pwr ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 ROC A 401
3S43_A_478A401 3s43 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP) 		19 ASP A  25
ALA A  28
ASP A  30
ILE A  32
VAL A  47
GLY A  49
ILE A  50
ILE A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 130
ILE B 132
VAL B 147
GLY B 149
ILE B 150
ILE B 184
 478 A 401
3S45_B_478B201 3s45 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 2 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE A  32
ILE B  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
ILE B  82
ILE A  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 B 201
3S53_A_017A201 3s53 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE A  32
ILE B  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
ILE B  82
ILE A  82
ILE B  84
 017 A 201
3S53_B_017B203 3s53 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 5 TRP B  42
PRO B  44
LYS B  55
ARG B  57
GLY B  78
 017 B 203
3S54_B_017B201 3s54 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
VAL A  47
VAL B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
ILE A  82
ILE B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 201
3S56_A_ROCA201 3s56 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE A  32
VAL A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
ILE B  82
ILE A  82
ILE B  84
 ROC A 201
3S56_B_ROCB203 3s56 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 7 ARG B   8
LEU B  10
GLU B  21
LEU B  23
GLU B  34
PRO B  81
ILE B  82
 ROC B 203
3SO9_A_017A100 3so9 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 LEU B  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
THR A  80
PRO B  81
THR B  82
VAL B  84
 017 A 100
3SPK_A_TPVA100 3spk TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASN A  25
ASN B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
 TPV A 100
3SPK_B_TPVB100 3spk TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
ARG A   8
LEU B  23
LEU A  23
ASN A  25
ASN B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
THR A  82
THR B  82
 TPV B 100
3SUD_A_SUEA1201 3sud SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		PF02907
(Peptidase_S29) 		16 GLN A1041
PHE A1043
TYR A1056
HIS A1057
GLY A1058
ASP A1081
ARG A1123
ILE A1132
LEU A1135
LYS A1136
GLY A1137
ALA A1139
PHE A1154
ALA A1156
ALA A1157
SER A1159
 SUE A1201
3SUD_B_SUEB1201 3sud SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 13 GLN B1041
PHE B1043
TYR B1056
HIS B1057
GLY B1058
ASP B1081
ILE B1132
LYS B1136
GLY B1137
ALA B1139
PHE B1154
ALA B1156
SER B1159
 SUE B1201
3SUD_C_SUEC1201 3sud SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 16 GLN C1041
PHE C1043
TYR C1056
HIS C1057
GLY C1058
ASP C1081
ARG C1123
ILE C1132
LEU C1135
LYS C1136
GLY C1137
ALA C1139
PHE C1154
ARG C1155
ALA C1156
ALA C1157
 SUE C1201
3SUD_D_SUED1201 3sud SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 17 GLN D1041
PHE D1043
TYR D1056
HIS D1057
GLY D1058
VAL D1078
ASP D1081
LEU D1135
LYS D1136
GLY D1137
ALA D1139
PHE D1154
ARG D1155
ALA D1156
ALA D1157
SER D1159
ASP D1168
 SUE D1201
3SUE_A_SUEA1201 3sue SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		PF02907
(Peptidase_S29) 		16 GLN A1041
PHE A1043
TYR A1056
HIS A1057
GLY A1058
ASP A1081
ARG A1123
ILE A1132
LEU A1135
LYS A1136
GLY A1137
SER A1139
PHE A1154
LYS A1155
ALA A1156
ALA A1157
 SUE A1201
3SUE_B_SUEB1201 3sue SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 15 GLN B1041
PHE B1043
TYR B1056
HIS B1057
GLY B1058
ASP B1081
ARG B1123
LEU B1135
LYS B1136
GLY B1137
SER B1139
PHE B1154
LYS B1155
ALA B1156
ALA B1157
 SUE B1201
3SUE_C_SUEC1201 3sue SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 17 GLN C1041
PHE C1043
TYR C1056
HIS C1057
GLY C1058
VAL C1078
ASP C1081
ILE C1132
LEU C1135
LYS C1136
GLY C1137
SER C1139
PHE C1154
LYS C1155
ALA C1156
ALA C1157
ASP C1168
 SUE C1201
3SUE_D_SUED1201 3sue SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 15 GLN D1041
PHE D1043
TYR D1056
HIS D1057
GLY D1058
ASP D1081
ARG D1123
LEU D1135
LYS D1136
GLY D1137
SER D1139
PHE D1154
LYS D1155
ALA D1156
SER D1159
 SUE D1201
3SUF_A_SUEA1201 3suf SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		PF02907
(Peptidase_S29) 		14 GLN A1041
PHE A1043
TYR A1056
HIS A1057
GLY A1058
ASP A1081
ARG A1123
LEU A1135
LYS A1136
GLY A1137
SER A1139
PHE A1154
ALA A1156
ALA A1157
 SUE A1201
3SUF_B_SUEB1201 3suf SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 20 GLN B1041
PHE B1043
VAL B1055
TYR B1056
HIS B1057
GLY B1058
ASP B1081
SER C1128
ARG C1130
PRO C1131
ILE B1132
TYR C1134
LEU B1135
GLY B1137
SER B1139
PHE B1154
ARG B1155
ALA B1156
ALA B1157
VAL C1163
 SUE B1201
3SUF_C_SUEC1201 3suf SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 13 GLN C1041
PHE C1043
TYR C1056
HIS C1057
GLY C1058
VAL D1078
ASP D1079
ASP C1081
GLY C1137
SER C1139
PHE C1154
ALA C1156
ALA C1157
 SUE C1201
3SUF_D_SUED1201 3suf SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		no annotation 18 GLN D1041
PHE D1043
VAL D1055
TYR D1056
HIS D1057
GLY D1058
VAL D1078
ASP C1079
ASP D1081
ILE D1132
LYS D1136
GLY D1137
SER D1139
PHE D1154
ARG D1155
ALA D1156
ALA D1157
CYS D1159
 SUE D1201
3SUG_A_SUEA1201 3sug SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE, NS4A
PROTEIN 		PF02907
(Peptidase_S29) 		17 GLN A1041
PHE A1043
TYR A1056
HIS A1057
GLY A1058
VAL A1078
ASP A1081
ARG A1123
LEU A1135
LYS A1136
GLY A1137
ALA A1139
PHE A1154
ARG A1155
THR A1156
ALA A1157
ASP A1168
 SUE A1201
3T3C_A_017A201 3t3c 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		17 ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY B  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
ALA B  82
VAL B  84
 017 A 201
3TKG_B_ROCB801 3tkg ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC B 801
3TKG_C_ROCC901 3tkg ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 28 ARG D   8
ARG C   8
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP C  30
ASP D  30
VAL D  32
ILE D  47
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
THR D  80
THR C  80
PRO D  81
PRO C  81
VAL D  82
VAL C  82
ILE D  84
ILE C  84
 ROC C 901
3TKW_B_017B401 3tkw 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 401
3TL9_A_ROCA401 3tl9 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		31 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
THR B  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 401
3TNE_A_RITA401 3tne RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Candida
parapsilosis 		SECRETED ASPARTIC
PROTEASE 		PF00026
(Asp) 		18 PRO A  12
ILE A  30
ASP A  32
GLY A  34
SER A  35
ILE A  76
TYR A  78
GLY A  79
ASP A  80
SER A  82
VAL A 113
ASP A 114
ASN A 125
ASP A 220
THR A 223
THR A 224
TYR A 227
ILE A 303
 RIT A 401
3TNE_B_RITB401 3tne RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Candida
parapsilosis 		SECRETED ASPARTIC
PROTEASE 		PF00026
(Asp)
no annotation 		20 ILE B  30
ASP B  32
GLY B  34
SER B  35
LYS A  49
ILE B  76
TYR B  78
GLY B  79
ASP B  80
SER B  82
VAL B 113
ASP B 114
ILE B 117
ASN B 125
ASP B 220
THR B 223
THR B 224
TYR B 227
ASP B 301
ILE B 303
 RIT B 401
3TTP_A_017A201 3ttp 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
LEU B  82
LEU A  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 201
3UCB_A_017A201 3ucb 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
ILE A  32
ILE B  32
VAL B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
VAL A  84
VAL B  84
 017 A 201
3UCB_B_017B202 3ucb 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 7 TRP B  42
PRO B  44
MET B  46
LYS B  55
ARG B  57
GLY B  78
PRO B  79
 017 B 202
3UFN_A_ROCA401 3ufn ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Homo sapiens HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASN A  30
VAL A  47
VAL B  47
GLY A  48
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
THR A  80
PRO A  81
VAL B  82
VAL B  84
 ROC A 401
3UFN_A_ROCA402 3ufn ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Homo sapiens HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		5 ARG A   8
LEU A  23
ASP B  29
PRO A  81
VAL A  82
 ROC A 402
3WSJ_A_MK1A201 3wsj MK1

DB00224
(Indinavir) 		Primate
T-lymphotropic
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		16 ARG A  10
ARG B  10
LEU B  30
LEU A  30
ASP A  32
ASP B  32
ALA B  35
ALA A  35
ASP A  36
VAL A  39
VAL B  56
LEU A  91
TRP A  98
TRP B  98
ILE B 100
ILE A 100
 MK1 A 201
4D1Y_A_RBFA1176 4d1y RBF

DB00140
(Riboflavin) 		Bacteroides
thetaiotaomicron 		PUTATIVE PROTEASE I PF01965
(DJ-1_PfpI)
no annotation 		8 GLN B  20
GLN A  20
LYS B 147
ASN B 161
ASN A 161
THR B 162
TRP B 164
TRP A 164
 RBF A1176
4DQB_B_017B101 4dqb 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 017 B 101
4DQC_A_017A101 4dqc 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ARG A   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
 017 A 101
4DQE_B_017B101 4dqe 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 017 B 101
4DQF_B_017B101 4dqf 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 101
4DQH_B_017B101 4dqh 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		WILD-TYPE HIV-1
PROTEASE DIMER 		PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 017 B 101
4EYR_B_RITB301 4eyr RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		15 ARG B   8
LEU A  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
VAL A  32
ILE A  50
PRO B  81
THR A  82
THR B  82
 RIT B 301
4HLA_A_017A200 4hla 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 200
4J5J_B_478B401 4j5j 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASN A  30
GLY A  49
ILE A  50
VAL A  82
ASP B 125
ALA B 128
ASN B 130
ILE B 132
VAL B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
VAL B 184
 478 B 401
4J5J_B_478B402 4j5j 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 5 TRP B 142
PRO B 144
LYS B 155
ARG B 157
PRO B 179
 478 B 402
4JEC_B_478B401 4jec 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		28 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
LEU B 176
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 478 B 401
4L1A_A_AB1A101 4l1a AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		MDR769 HIV-1
PROTEASE 		PF00077
(RVP) 		17 ARG B   8
ARG A   8
ASN A  25
ASN B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP A  30
GLY B  48
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
THR A  82
THR B  82
VAL A  84
 AB1 A 101
4LL3_A_017A201 4ll3 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE B  84
ILE A  84
 017 A 201
4LL3_A_017A202 4ll3 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ARG B   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
PRO B  81
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 202
4NJT_B_017B101 4njt 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		21 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
ILE A  84
 017 B 101
4NJT_D_017D101 4njt 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 20 LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  29
ASP D  30
ASP C  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE C  47
GLY C  49
ILE C  50
ILE D  50
PRO C  81
THR D  82
THR C  82
ILE C  84
 017 D 101
4NJU_A_TPVA500 4nju TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
ILE B  84
 TPV A 500
4NJU_C_TPVC500 4nju TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 22 ARG D   8
ARG C   8
LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
ALA C  28
ALA D  28
ASP C  29
ASP C  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO D  81
PRO C  81
THR D  82
THR C  82
ILE D  84
 TPV C 500
4NJV_A_RITA500 4njv RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT A 500
4NJV_D_RITD500 4njv RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE no annotation 24 ARG D   8
ARG C   8
ASP D  25
ASP C  25
GLY C  27
GLY D  27
ALA D  28
ASP D  29
ASP C  29
ASP D  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE D  47
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
PRO D  81
PRO C  81
THR D  82
THR C  82
ILE D  84
ILE C  84
 RIT D 500
4NPT_A_017A401 4npt 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP) 		9 ASN A  25
ALA A  28
ILE A  47
GLY A  48
ILE A  50
MET A  54
THR A  80
ILE A  82
VAL A  84
 017 A 401
4Q1W_A_017A104 4q1w 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ARG B   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A 104
4Q1X_A_017A101 4q1x 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A 101
4Q1Y_A_017A106 4q1y 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		ASPARTYL PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 017 A 106
4Q5M_A_ROCA1101 4q5m ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP) 		27 ARG A   8
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASN A  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY A  49
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG A1008
ASP A1025
GLY A1027
ASP A1029
ASN A1030
VAL A1032
ILE A1047
GLY A1049
ILE A1050
THR A1080
PRO A1081
VAL A1082
ILE A1084
 ROC A1101
4QGI_A_ROCA101 4qgi ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE B  47
ILE A  47
THR A  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE B  84
 ROC A 101
4RVJ_B_478B101 4rvj 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		20 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
THR A  82
ILE A  84
ILE B  84
 478 B 101
4RVJ_D_478D101 4rvj 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE no annotation 20 LEU C  23
LEU D  23
ASP D  25
ASP C  25
GLY D  27
ALA C  28
ALA D  28
ASP D  30
ASP C  30
VAL C  32
VAL D  32
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE C  50
ILE D  50
PRO C  81
THR C  82
ILE D  84
ILE C  84
 478 D 101
4YOA_A_017A100 4yoa 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP) 		6 ASN A  25
ASP A  29
THR A  80
PRO A  81
THR A  82
VAL A  84
 017 A 100
4YPM_A_BO2A801 4ypm BO2

DB00188
(Bortezomib) 		Meiothermus
taiwanensis 		LON PROTEASE PF05362
(Lon_C) 		13 ALA A 601
TRP A 602
THR A 603
THR A 608
LEU A 610
MET A 633
THR A 672
LYS A 674
GLY A 676
PRO A 677
SER A 678
ALA A 679
LYS A 721
 BO2 A 801
5DZK_1_BEZ1801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 3 ILE M  71
PHE F 147
LEU 1 802
 BEZ 1 801
5DZK_2_BEZ2801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
BEZ-LEU-LEU 		None 4 ILE N  71
ARG M 119
ILE N 146
LEU 2 802
 BEZ 2 801
5DZK_3_BEZ3801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
BEZ-LEU-LEU 		None 4 ILE m  71
GLY m 127
ILE m 146
LEU 3 802
 BEZ 3 801
5DZK_4_BEZ4801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 5 ILE n  71
ARG m 119
ILE n 146
PHE g 147
LEU 4 802
 BEZ 4 801
5DZK_O_BEZO801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None
PF00574
(CLP_protease) 		6 PHE a  83
SER a 110
HIS a 135
PRO a 137
MET a 164
LEU o 802
 BEZ o 801
5DZK_P_BEZP801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 6 PHE B  83
SER B 110
ALA B 111
HIS B 135
MET B 164
LEU P 802
 BEZ P 801
5DZK_Q_BEZQ801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 5 SER c 110
ALA c 111
HIS c 135
MET c 164
LEU q 802
 BEZ q 801
5DZK_R_BEZR801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 8 PHE d  83
SER d 110
ALA d 111
HIS d 135
PRO d 137
MET d 164
LEU r 802
LEU r 803
 BEZ r 801
5DZK_S_BEZS801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 6 PHE e  83
SER e 110
HIS e 135
MET e 164
LEU s 802
LEU s 803
 BEZ s 801
5DZK_T_BEZT801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 8 PHE F  83
SER F 110
ALA F 111
HIS F 135
PRO F 137
MET F 164
LEU T 802
LEU T 803
 BEZ T 801
5DZK_U_BEZU801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 6 PHE g  83
SER g 110
ALA g 111
HIS g 135
MET g 164
LEU u 802
 BEZ u 801
5DZK_V_BEZV801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
BEZ-LEU-LEU 		None
PF00574
(CLP_protease) 		4 ILE h  71
ARG n 119
ILE h 146
LEU v 802
 BEZ v 801
5DZK_W_BEZW801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 5 ILE I  71
GLY I 127
ILE I 146
PHE B 147
LEU W 802
 BEZ W 801
5DZK_X_BEZX801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
BEZ-LEU-LEU 		None 5 ILE j  71
ARG i 119
GLY j 127
ILE j 146
LEU x 802
 BEZ x 801
5DZK_Y_BEZY801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 2;
BEZ-LEU-LEU 		None 5 ILE k  71
GLY k 127
ILE k 146
PHE d 147
LEU y 802
 BEZ y 801
5DZK_Z_BEZZ801 5dzk BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Mycobacterium
tuberculosis;
synthetic
construct 		ATP-DEPENDENT CLP
PROTEASE PROTEOLYTIC
SUBUNIT 1;
BEZ-LEU-LEU 		None 4 ILE l  71
GLY l 127
ILE l 146
LEU z 802
 BEZ z 801
5E5J_A_017A201 5e5j 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
VAL A  47
VAL B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
PRO B  81
ILE A  82
ILE B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 201
5E5K_B_017B201 5e5k 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
ILE B  32
ILE A  32
VAL A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
PRO B  81
PRO A  81
ILE A  82
ILE B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 201
5EU8_B_010B6 5eu8 010

DB06770
(Benzyl
alcohol) 		Alphacoronavirus
1;
synthetic
construct 		N-[(5-METHYLISOXAZOL
-3-YL)CARBONYL]ALANY
L-L-VALYL-N~1~-((1R,
2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-
OXO-1-{[(3R)-2-OXOPY
RROLIDIN-3-YL]METHYL
}BUT-2-ENYL)-L-LEUCI
NAMIDE;
MAIN PROTEASE 		None
PF05409
(Peptidase_C30) 		5 ASN A  25
LEU A  27
HIS A  41
THR A  47
CYS A 144
 010 B   6
5GWY_E_010E6 5gwy 010

DB06770
(Benzyl
alcohol) 		Human coronavirus
NL63;
synthetic
construct 		N-[(5-METHYLISOXAZOL
-3-YL)CARBONYL]ALANY
L-L-VALYL-N~1~-((1R,
2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-
OXO-1-{[(3R)-2-OXOPY
RROLIDIN-3-YL]METHYL
}BUT-2-ENYL)-L-LEUCI
NAMIDE;
MAIN PROTEASE 		None
PF05409
(Peptidase_C30) 		4 THR A  25
LEU A  27
HIS A  41
GLY A 142
 010 E   6
5GWZ_D_010D6 5gwz 010

DB06770
(Benzyl
alcohol) 		Porcine epidemic
diarrhea virus;
synthetic
construct 		N-[(5-METHYLISOXAZOL
-3-YL)CARBONYL]ALANY
L-L-VALYL-N~1~-((1R,
2Z)-4-(BENZYLOXY)-4-
OXO-1-{[(3R)-2-OXOPY
RROLIDIN-3-YL]METHYL
}BUT-2-ENYL)-L-LEUCI
NAMIDE;
PEDV MAIN PROTEASE 		None 3 MET B  25
HIS B  41
GLY B 142
 010 D   6
5KQX_A_ROCA101 5kqx ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE E35D-SQV PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
LEU B  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
ILE A  84
ILE B  84
 ROC A 101
5KQY_B_017B101 5kqy 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE E35D-DRV PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ARG A   8
LEU A  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL A  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
 017 B 101
5KR0_A_478A101 5kr0 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE E35D-APV PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU B  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY B  27
ALA A  28
ALA B  28
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 478 A 101
5KR1_B_017B101 5kr1 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PR5-DRV PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG A   8
LEU A  23
ASN A  25
ASN B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
VAL A  82
ILE A  84
 017 B 101
5KR2_A_ROCA101 5kr2 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PR5-SQV PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
LEU B  23
ASN A  25
ASN B  25
ALA A  28
ALA B  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  80
PRO A  81
PRO B  81
VAL B  82
ILE B  84
 ROC A 101
5KR2_C_ROCC101 5kr2 ROC

DB01232
(Saquinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PR5-SQV no annotation 18 ARG D   8
LEU D  23
ASN D  25
ASN C  25
ALA C  28
ASP C  29
ASP C  30
ILE D  47
ILE C  47
GLY D  49
GLY C  49
ILE D  50
ILE C  50
THR C  80
PRO C  81
PRO D  81
VAL D  82
ILE D  84
 ROC C 101
5LAK_I_BEZI1 5lak BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Alphamesonivirus
1;
synthetic
construct 		3CL PROTEASE;
BEZ-TYR-TYR-ASN-ECC
PEPTIDE INHIBITOR 		None
PF17222
(Peptidase_C107) 		3 TYR I   2
TYR I   3
SER A 172
 BEZ I   1
5LAK_J_BEZJ1 5lak BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Alphamesonivirus
1;
synthetic
construct 		3CL PROTEASE;
BEZ-TYR-TYR-ASN-ECC
PEPTIDE INHIBITOR 		None 3 TYR J   2
TYR J   3
SER C 172
 BEZ J   1
5T2Z_B_017B201 5t2z 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
SER A  82
SER B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 201
5T8H_B_478B401 5t8h 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE PF00077
(RVP)
no annotation 		28 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ILE A  32
VAL A  47
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
ILE A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
ILE B 132
VAL B 147
GLY B 149
ILE B 150
LEU B 176
PRO B 181
ILE B 182
ILE B 184
 478 B 401
5YOD_B_BEZB201 5yod BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Zika virus NS3 PROTEASE PF00949
(Peptidase_S7) 		5 HIS B  51
ALA B 132
SER B 135
GLY B 151
TYR B 161
 BEZ B 201
5YOD_D_BEZD201 5yod BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Zika virus NS3 PROTEASE None 5 HIS D  51
ALA D 132
SER D 135
GLY D 151
TYR D 161
 BEZ D 201
5YOD_F_BEZF201 5yod BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Zika virus NS3 PROTEASE None 5 HIS F  51
ALA F 132
SER F 135
TYR F 150
TYR F 161
 BEZ F 201
5YOD_H_BEZH201 5yod BEZ

DB03793
(Benzoic
Acid) 		Zika virus NS3 PROTEASE None 5 HIS H  51
SER H 135
TYR H 150
GLY H 151
TYR H 161
 BEZ H 201
5ZMQ_I_PACI1 5zmq PAC

DB09269
(Phenylacetic
acid) 		Zika virus;
synthetic
construct 		SERINE PROTEASE NS3;
SERINE PROTEASE
SUBUNIT NS2B;
PEPTIDE
PAC-DLY-DLY-DAR 		None 3 GLU E  66
VAL D 155
TYR D 161
 PAC I   1
5ZMQ_K_PACK1 5zmq PAC

DB09269
(Phenylacetic
acid) 		Zika virus;
synthetic
construct 		SERINE PROTEASE NS3;
PEPTIDE
PAC-DLY-DLY-DAR 		None 3 ALA H 132
VAL H 155
TYR H 161
 PAC K   1
6C2M_A_SUEA1202 6c2m SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE PF02907
(Peptidase_S29) 		21 GLN A1041
PHE A1043
VAL A1055
HIS A1056
HIS A1057
GLY A1058
VAL A1078
ASP A1081
ARG A1123
ILE A1132
LEU A1135
LYS A1136
GLY A1137
SER A1139
PHE A1154
ARG A1155
ALA A1156
ALA A1157
VAL A1158
SER A1159
ASP A1168
 SUE A1202
6C2M_B_SUEB1202 6c2m SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE None 21 GLN B1041
PHE B1043
VAL B1055
HIS B1056
HIS B1057
GLY B1058
VAL B1078
ASP B1081
ARG B1123
ILE B1132
LEU B1135
LYS B1136
GLY B1137
SER B1139
PHE B1154
ARG B1155
ALA B1156
ALA B1157
VAL B1158
SER B1159
ASP B1168
 SUE B1202
6C2M_C_SUEC1203 6c2m SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE None 21 GLN C1041
PHE C1043
VAL C1055
HIS C1056
HIS C1057
GLY C1058
VAL C1078
ASP C1081
ARG C1123
ILE C1132
LEU C1135
LYS C1136
GLY C1137
SER C1139
PHE C1154
ARG C1155
ALA C1156
ALA C1157
VAL C1158
SER C1159
ASP C1168
 SUE C1203
6C2M_D_SUED1202 6c2m SUE

DB11575
(Grazoprevir) 		Hepacivirus C NS3 PROTEASE None 21 GLN D1041
PHE D1043
VAL D1055
HIS D1056
HIS D1057
GLY D1058
VAL D1078
ASP D1081
ARG D1123
ILE D1132
LEU D1135
LYS D1136
GLY D1137
SER D1139
PHE D1154
ARG D1155
ALA D1156
ALA D1157
VAL D1158
SER D1159
ASP D1168
 SUE D1202
6DGX_A_017A101 6dgx 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		28 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 101
6DH0_A_017A101 6dh0 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		28 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
VAL A  84
VAL B  84
 017 A 101
6DH3_A_017A101 6dh3 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		26 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
LEU B  76
PRO B  81
PRO A  81
ILE A  82
ILE B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 101
6DH6_A_017A104 6dh6 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		27 ARG B   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
VAL B  50
VAL A  50
LEU B  76
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 A 104
6DIF_B_TPVB201 6dif TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		27 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 TPV B 201
6DIL_B_TPVB201 6dil TPV

DB00932
(Tipranavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		27 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 TPV B 201
6DJ1_B_AB1B201 6dj1 AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		27 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE B  47
GLY A  48
GLY B  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 AB1 B 201
6DJ2_B_AB1B201 6dj2 AB1

DB01601
(Lopinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		HIV-1 PROTEASE None
PF00077
(RVP) 		22 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
ILE B  47
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
 AB1 B 201