DRUG BINDING INTERFACES MAPPED TO 'POLYPROTEIN'

List of Binding Interfaces
(Click on the entry ID to view details of interfaces and pattern clusters)
(Note that ASSAM search use only 3-12 residue containing patterns)
Filter list by:
DrReposER ID PDB Ligand Organism Macromolecule Pfam Res. Interface HETATM
1IKV_A_EFZA2000 1ikv EFZ

DB00625
(Efavirenz) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00075
(RNase_H)
PF00078
(RVT_1)
PF06815
(RVT_connect)
PF06817
(RVT_thumb) 		9 LEU A 100
VAL A 106
VAL A 179
TYR A 181
TYR A 188
GLY A 190
TRP A 229
LEU A 234
TYR A 318
 EFZ A2000
1IKW_A_EFZA2000 1ikw EFZ

DB00625
(Efavirenz) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00075
(RNase_H)
PF00078
(RVT_1)
PF06815
(RVT_connect)
PF06817
(RVT_thumb) 		10 LEU A 100
LYS A 103
VAL A 106
VAL A 179
TYR A 181
TYR A 188
GLY A 190
TRP A 229
LEU A 234
TYR A 318
 EFZ A2000
1K6C_B_MK1B902 1k6c MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		22 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE A  47
GLY A  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
PRO B  81
PRO A  81
THR A  82
THR B  82
VAL B  84
 MK1 B 902
1SGU_B_MK1B2632 1sgu MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		20 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP B  30
ILE B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
ALA A  82
ALA B  82
 MK1 B2632
1SH9_B_RITB301 1sh9 RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  30
ILE A  32
ILE B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
PRO B  81
ALA B  82
 RIT B 301
1T03_P_TFOP822 1t03 TFO

DB00300
(Tenofovir) 		;
Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN;
SYNTHETIC
OLIGONUCLEOTIDE
PRIMER 		PF00075
(RNase_H)
PF00078
(RVT_1)
PF06815
(RVT_connect)
PF06817
(RVT_thumb)
no annotation 		7 ASP A 110
TYR A 183
MET A 184
ASP A 185
ASP A 186
LYS A 219
HIS A 221
 TFO P 822
1T7I_A_017A200 1t7i 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		17 LEU A  23
ASP B  25
ASP A  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
THR A  82
THR B  82
 017 A 200
1T7J_A_478A200 1t7j 478

DB00701
(Amprenavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY B  49
GLY A  49
ILE B  50
ILE A  50
THR A  82
THR B  82
VAL A  84
 478 A 200
2AOF_C_FRDC305 2aof FRD

DB00182
(Amphetamine) 		;
Human
immunodeficiency
virus 1 		PEPTIDE INHIBITOR;
POL POLYPROTEIN 		PF00077
(RVP)
no annotation 		15 ASP A  25
GLY A  49
PRO A  81
ALA A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
PRO B 181
ALA B 182
ILE B 184
ASN C 304
LEU C 306
GLN C 307
SER C 308
ARG C 309
 FRD C 305
2AOH_C_FRDC305 2aoh FRD

DB00182
(Amphetamine) 		;
Human
immunodeficiency
virus 1 		PEPTIDE INHIBITOR;
POL POLYPROTEIN 		PF00077
(RVP)
no annotation 		15 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  49
PRO A  81
ALA A  82
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 149
ALA B 182
ILE B 184
PHE C 303
ASN C 304
PRO C 306
GLN C 307
ILE C 308
 FRD C 305
2AOI_C_FRDC305 2aoi FRD

DB00182
(Amphetamine) 		;
Human
immunodeficiency
virus 1 		PEPTIDE INHIBITOR;
POL POLYPROTEIN 		PF00077
(RVP)
no annotation 		16 ASP A  25
GLY A  49
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
PRO C 302
GLY C 303
ASN C 304
LEU C 306
GLN C 307
SER C 308
 FRD C 305
2AOJ_C_FRDC305 2aoj FRD

DB00182
(Amphetamine) 		;
Human
immunodeficiency
virus 1 		PEPTIDE INHIBITOR;
POL POLYPROTEIN 		PF00077
(RVP)
no annotation 		17 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  49
PRO A  81
VAL A  82
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
PHE C 303
ASN C 304
PRO C 306
GLN C 307
ILE C 308
 FRD C 305
2AVO_B_MK1B902 2avo MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		21 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ASP B  29
ASP B  30
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 B 902
2AVS_B_MK1B902 2avs MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		29 ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY A  49
GLY B  49
VAL B  50
VAL A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 B 902
2AVV_A_MK1A901 2avv MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		30 TRP D   6
ARG B   8
ARG A   8
LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASP B  30
ASP A  30
VAL A  32
VAL B  32
ILE A  47
ILE B  47
GLY A  48
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO A  81
PRO B  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 MK1 A 901
2AVV_E_MK1E902 2avv MK1

DB00224
(Indinavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN no annotation 30 ARG E   8
ARG D   8
LEU E  23
LEU D  23
ASP E  25
ASP D  25
GLY D  27
GLY E  27
ALA D  28
ALA E  28
ASP E  29
ASP D  29
ASP D  30
ASP E  30
VAL E  32
VAL D  32
ILE E  47
ILE D  47
GLY D  48
GLY E  48
GLY E  49
GLY D  49
ILE E  50
ILE D  50
PRO D  81
PRO E  81
VAL D  82
VAL E  82
ILE E  84
ILE D  84
 MK1 E 902
2B60_B_RITB100 2b60 RIT

DB00503
(Ritonavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		GAG-POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		23 ARG B   8
ARG A   8
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ILE B  32
ILE A  32
ILE A  47
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
ALA B  82
ALA A  82
ILE A  84
ILE B  84
 RIT B 100
2F80_B_017B301 2f80 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
LEU B  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP B  29
ASN A  30
ASN B  30
VAL B  32
VAL A  32
GLY A  49
GLY B  49
ILE B  50
ILE A  50
PRO B  81
PRO A  81
VAL A  82
VAL B  82
ILE A  84
ILE B  84
 017 B 301
2F81_A_017A302 2f81 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		24 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 A 302
2F8G_B_017B401 2f8g 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		27 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
VAL A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
VAL B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 B 401
2PXC_A_SAMA500 2pxc SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Murray Valley
encephalitis
virus 		GENOME POLYPROTEIN
[CONTAINS: CAPSID
PROTEIN C (CORE
PROTEIN);
ENVELOPE PROTEIN M
(MATRIX PROTEIN);
MAJOR ENVELOPE
PROTEIN E;
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 1 (NS1);
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 2A (NS2A);
FLAVIVIRIN PROTEASE
NS2B REGULATORY
SUBUNIT;
FLAVIVIRIN PROTEASE
NS3 CATALYTIC
SUBUNIT;
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 4A (NS4A);
NON-STRUCTURAL
PROTEIN 4B (NS4B);
RNA-DIRECTED RNA
POLYMERASE (EC
2.7.7.48) (NS5)] 		PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 500
3GCZ_A_SAMA4633 3gcz SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Yokose virus POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		13 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LEU A 105
HIS A 110
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A4633
3JVY_B_017B401 3jvy 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		GAG-POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		26 LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
ARG B 108
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 B 401
3JW2_A_017A401 3jw2 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		GAG-POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		26 ARG A   8
LEU A  23
ASP A  25
GLY A  27
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
VAL A  32
GLY A  49
ILE A  50
PRO A  81
VAL A  82
ILE A  84
LEU B 123
ASP B 125
GLY B 127
ALA B 128
ASP B 129
ASP B 130
VAL B 132
ILE B 147
GLY B 149
ILE B 150
PRO B 181
VAL B 182
ILE B 184
 017 A 401
3KEE_A_30BA500 3kee 30B

DB06290
(Simeprevir) 		Hepacivirus C GENOME POLYPROTEIN PF02907
(Peptidase_S29) 		16 GLN A  41
PHE A  43
TYR A  56
HIS A  57
GLY A  58
ASP A  81
VAL A 132
LYS A 136
GLY A 137
SER A 139
PHE A 154
ARG A 155
ALA A 156
ALA A 157
CYS A 159
ASP A 168
 30B A 500
3KEE_B_30BB500 3kee 30B

DB06290
(Simeprevir) 		Hepacivirus C GENOME POLYPROTEIN no annotation 15 GLN B  41
PHE B  43
TYR B  56
HIS B  57
GLY B  58
ASP B  81
VAL B 132
LEU B 135
LYS B 136
GLY B 137
SER B 139
PHE B 154
ARG B 155
ALA B 156
ALA B 157
 30B B 500
3KEE_C_30BC500 3kee 30B

DB06290
(Simeprevir) 		Hepacivirus C GENOME POLYPROTEIN no annotation 16 GLN C  41
PHE C  43
TYR C  56
HIS C  57
GLY C  58
ASP C  81
VAL C 132
LEU C 135
LYS C 136
GLY C 137
SER C 139
PHE C 154
ARG C 155
ALA C 156
ALA C 157
ASP C 168
 30B C 500
3KEE_D_30BD500 3kee 30B

DB06290
(Simeprevir) 		Hepacivirus C GENOME POLYPROTEIN no annotation 16 GLN D  41
PHE D  43
TYR D  56
HIS D  57
GLY D  58
ASP D  81
VAL D 132
LEU D 135
LYS D 136
GLY D 137
SER D 139
PHE D 154
ARG D 155
ALA D 156
ALA D 157
ASP D 168
 30B D 500
3SM2_A_478A126 3sm2 478

DB00701
(Amprenavir) 		Murine leukemia
virus 		GAG-PRO-POL
POLYPROTEIN 		PF00077
(RVP)
no annotation 		19 ASP A  32
ASP B  32
GLY A  34
ALA B  35
ALA A  35
HIS B  37
VAL B  39
VAL A  39
VAL A  54
VAL B  54
GLY B  56
GLY A  56
ALA A  57
ALA B  57
LEU B  83
PRO B  89
TYR B  90
LEU B  92
LEU A  92
 478 A 126
3U7S_A_017A201 3u7s 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		18 ARG B   8
LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY A  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP A  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE B  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO B  81
LEU B  82
VAL A  84
 017 A 201
3U7S_A_017A202 3u7s 017

DB01264
(Darunavir) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		POL POLYPROTEIN PF00077
(RVP)
no annotation 		18 LEU A  23
ASP A  25
ASP B  25
GLY B  27
ALA B  28
ALA A  28
ASP B  29
ASP A  30
ASP B  30
ILE A  47
GLY B  49
GLY A  49
ILE A  50
ILE B  50
PRO A  81
LEU B  82
LEU A  82
VAL B  84
 017 A 202
4CTK_A_SAMA1263 4ctk SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A1263
4CTK_C_SAMC1263 4ctk SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus POLYPROTEIN None 14 SER C  56
GLY C  58
GLY C  81
GLY C  83
GLY C  86
TRP C  87
THR C 104
LYS C 105
HIS C 110
GLU C 111
ASP C 131
VAL C 132
ASP C 146
ILE C 147
 SAM C1263
4IFV_A_T27A601 4ifv T27

DB08864
(Rilpivirine) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		EXORIBONUCLEASE H,
P66 RT;
GAG-POL POLYPROTEIN 		PF00075
(RNase_H)
PF00078
(RVT_1)
PF06815
(RVT_connect)
PF06817
(RVT_thumb) 		14 PRO A  95
LEU A 100
LYS A 103
VAL A 106
GLU B 138
VAL A 179
TYR A 181
TYR A 188
PRO A 225
PHE A 227
TRP A 229
LEU A 234
PRO A 236
TYR A 318
 T27 A 601
5E9Q_A_SAMA301 5e9q SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 301
5E9Q_C_SAMC4000 5e9q SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN None 14 SER C  56
GLY C  58
GLY C  81
GLY C  83
GLY C  86
TRP C  87
THR C 104
LYS C 105
HIS C 110
GLU C 111
ASP C 131
VAL C 132
ASP C 146
ILE C 147
 SAM C4000
5EC8_A_SAMA301 5ec8 SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 301
5EC8_C_SAMC4000 5ec8 SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN None 14 SER C  56
GLY C  58
GLY C  81
GLY C  83
GLY C  86
TRP C  87
THR C 104
LYS C 105
HIS C 110
GLU C 111
ASP C 131
VAL C 132
ASP C 146
ILE C 147
 SAM C4000
5EIF_A_SAMA301 5eif SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		14 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
GLU A 111
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 301
5EIF_C_SAMC4000 5eif SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Dengue virus GENOME POLYPROTEIN None 14 SER C  56
GLY C  58
GLY C  81
GLY C  83
GLY C  86
TRP C  87
THR C 104
LYS C 105
HIS C 110
GLU C 111
ASP C 131
VAL C 132
ASP C 146
ILE C 147
 SAM C4000
5KQS_A_SAMA307 5kqs SAM

DB00118
(S-
Adenosylmethionine) 		Zika virus GENOME POLYPROTEIN PF01728
(FtsJ) 		13 SER A  56
GLY A  58
GLY A  81
GLY A  83
GLY A  86
TRP A  87
THR A 104
LYS A 105
HIS A 110
ASP A 131
VAL A 132
ASP A 146
ILE A 147
 SAM A 307
5MFX_A_ACTA701 5mfx ACT

DB03166
(Acetic
acid) 		Zika virus GENOME POLYPROTEIN PF00271
(Flavi_DEAD)
PF07652
(Helicase_C) 		5 ARG A 323
THR A 449
HIS A 450
ALA A 478
ASP A 481
 ACT A 701
6ELI_A_T27A701 6eli T27

DB08864
(Rilpivirine) 		Human
immunodeficiency
virus 1 		GAG-POL POLYPROTEIN;
REVERSE
TRANSCRIPTASE 		no annotation 13 PRO A  95
LEU A 100
LYS A 103
VAL A 106
GLU B 138
VAL A 179
TYR A 181
TYR A 188
PRO A 225
PHE A 227
TRP A 229
LEU A 234
TYR A 318
 T27 A 701